Sudah sejak tahun 1980-an Harian Kompas telah menerbitkan buku-buku yang mendukung pemikiran dan pandangan Kompas, antara lain: Biografi Thress Nio, Kumpulan Cerpen Kompas, Menjadi Indonesia, dsb. Namun, baru pada tahun 1999 Kompas membentuk unit Penerbitan Buku dengan logo seorang anak gembala berseruling menunggang kerbau. Pembentukan unit ini untuk mendukung dua pemikiran Bapak Jakob Oetama bahwa “Buku adalah langkah selanjutnya setelah koran” dan “Buku adalah mahkota wartawan”.
Sejak 1999, Penerbit Buku Kompas telah menerbitkan sekitar 600 judul buku dari berbagai tema, antara lain: sejarah, sosial budaya, politik, kesehatan, biografi, ekonomi dan bisnis, jurnalistik, renungan, hukum, psikologi populer, dsb. Beberapa judul buku best seller yang diterbitkan antara lain: Perang Eropa, Perang Pasifik, Jerusalem, Mekkah, Perjalanan Seorang Prajurit Para Komando, Sehat Itu Murah, Menjadi Orangtua Idaman, Hari-hari Menjelang Mundurnya Presiden Soeharto, Sejarah Kecil, Pak Beye dan Istananya, dan Tinta Emas di Kanvas Dunia.